ガミラスの侵略を退けてから1年后の西暦2201年、白色彗星帝国が宇宙の各惑星にその侵略の手を伸ばしていた。地球は復兴をほぼ终え、都市は活気づき平和に満ちていた。古代进も护卫舰舰长として输送补给船団に同行していたが、偶然、発信源不明のメッセージを受信する。そのメッセージは、救いを求めるような女性の声であった。かつてのヤマト乗组员たちは、危机の正体を突き止めるためにヤマトを発进させる。テレザート星に到着した古代たちは、メッセージの発信者であったテレサを救出する。テレサは、白色彗星帝国が宇宙の星々を次々と侵略しており、次に狙っているのが地球であることを告げる。白色彗星帝国は地球に迫り、最新鋭戦舰アンドロメダを旗舰とした地球舰队を全灭させる。ヤマトは白色彗星の涡の中心核に波动砲を打ち込む。彗星は火の玉となって炎上するが、その中から巨大な要塞、都市帝国が出现する。激しい戦闘の中で次々と乗组员たちが戦死していく。古代たちは都市帝国内部に侵入して动力炉を破壊する。しかし、その都市帝国の内部から超巨大戦舰が出现する。エネルギーも殆ど尽きているヤマトを嘲笑するズォーダー大帝に向かい、古代は彻底的に戦う事を告げる。ある决意を固めた古代は、生き残った数少ない乗组员をヤマトから退舰させ、超巨大戦舰に向けヤマトを発进させる。そこにテレサが现われ、ヤマトとともに超巨大戦舰に向かう。ヤマトは、やがて一筋の闪光を残し、宇宙に消えた。