1985年，在马来西亚发行首张个人国语专辑《心情》，获得排行榜冠军，但生活依旧窘困。为负担家计，奔走于各PUB赶场演唱，并于录音室及秀场担任和音，先后为苏芮、方芳芳、潘安邦、郑吟秋、秦汉等人唱过和声。1986年，在马来西亚发行国语专辑《何必孤独》。同年与刘文正签约，前往台湾发片，该专辑在台湾被唱片公司拒绝出版   。

1987年，在马来西亚发行国语专辑《唱不完的情歌》，再度前往台湾，再度被台湾唱片公司拒绝发行。同年在马来西亚发行专辑国语《等》，三度前往台湾发行唱片不成。在马来西亚发行国语专辑《年轻的心》。1988年，首次在台湾和马来西亚同时发行国语专辑《你是我的唯一》   。专辑同名主打曲奠定了巫启贤的歌曲风格   。

1989年，在马来西亚发行国语专辑《爱是一种伤害（奇迹）》。专辑《何必孤独》在台湾发行。在马来西亚和台湾同时发行国语专辑《为了你》和个人首张粤语专辑《浪子心声》。1991年，在台湾和马来西亚发行国语专辑《伤心的人更伤心》和《是否你曾偷偷的哭》。1992年，发行国语专辑《回到自己身边》。同年，与飞鹰约满未续，加盟EMI   。

1993年，发行国语专辑《红尘来去一场梦》和《等你等到我心痛》。1994年，发行国语专辑《太傻》、《爱情傀儡》和粤语专辑《心酸的情歌》。1995年，发行国语专辑《凑热闹》、《爱那么重》和粤语专辑《有心》。同年，担任电影《慈云山十三太保》男主角，进入影视圈，并凭借此角色获得第15届香港电影金像奖最佳新人奖   。

1996年，发行国语专辑《思念谁》、《我感觉不到你》和粤语专辑《风中有你》、《因为你》以及精选辑《巫启贤的傻情歌精选辑》，其中凭借专辑《我感觉不到你》获得第8届台湾金曲奖世界华人作品奖最佳男演唱人奖   。同年于香港红勘体育馆盛大推出“风中有情”个人演唱会   。

1997年，1月在台北国父纪念馆举行个人首度在台个唱“梦与现实”演唱会。与日本“新音乐女王”松任谷由实首度合作，发行首张个人日文单曲《愿》（如果这是你的心愿）。发行国语专辑《贤言贤语》。

1998年，发行国语专辑《启贤留文正》、《我是你的》。出演由林岭东导演的《极度重犯》，饰演一名政治部指挥官以及电视剧《龙堂》。举行个人在马来西亚的首场演唱会，同年，拥有马来西亚国籍的巫启贤，因未申请工作许可在台南某PUB演唱遭检举查获，因而被台湾当局禁止入境台湾5年，导致其演艺事业受阻   。

1999年，发行国语专辑《寻贤启事》   。2000年，加盟吴宗宪的唱片制作公司ALFA MUSIC，终于得以回台湾发展，开始在电视台主持节目。2001年，发行国语专辑《感动》   。2002年，发行国语专辑《都是路弯弯》   。

2003年，担任“音熊音乐”音乐总监。3月22日，在新加坡新达城举行在新加坡的第一次个人演唱会   。同年发行国语专辑《我的新谣时代》。11月参演春禾剧团舞台剧《爱情有什么道理》，因在其中的亮眼表现签约艾迪贝尔   。2004年7月1日，签约内地公司YYYD   。2005年10月29日，上海举办中国巡回演唱会的首场   。

2006年，担任超级女声杭州区评委   。2007年1月3日，巫启贤参加江苏卫视的《名师高徒》节目   。5月13日，巫启贤参与江苏卫视举办的《绝对唱响》节目的海选活动   。10月6日，在新加坡博览中心举行个人演唱会   。

2008年，参演电影《两个人的房间》   。2009年，发行翻唱专辑《好经典》   。12月13日，在上海举办个人演唱会“奔驰人生”   。2011年，和邰正宵一起在香港红磡体育馆举办“爱在燃烧的日子演唱会”演唱会   。2012年，12月1日，在上海市长宁区国际体操中心举办“那些年，我们一起唱情歌”演唱会   。2013年7月7日，巫启贤参加TVB《星梦传奇》评委。