2007年，拍摄个人第一部电影作品，剧情片《野·良犬》，该片由陈奕迅、林苑、文俊辉联袂主演，获得日本亚洲海洋电影节最高电影大奖、德国国际童真电影节欧洲评审最佳少年电影大奖，郭子健凭借此片获得第27届金像奖新晋导演提名。

2008年，执导由余文乐、冼色丽、樊少皇联合主演的剧情片《青苔》，获得第28届香港电影金像奖最佳新晋导演奖。

2010年，执导由李治廷、文咏珊合作主演的爱情片《为你钟情》。同年，与郑思杰联合执导动作片《打擂台》，该片获得第17届香港电影评论学会大奖最佳电影、第30届香港电影金像奖最佳电影等，郭子健凭借此片获得第30届金像奖最佳导演提名。

2013年，与周星驰联合执导由文章、舒淇、黄渤等合作主演的古装神话片《西游·降魔篇》，获得第50届台湾电影金马奖最佳跨媒介改编剧本奖。

2014年，执导以香港消防处特种救援队为题材的灾难片《救火英雄》，该片由谢霆锋、余文乐、任达华联合主演，获得第33届香港电影金像奖最佳导演提名。

2015年，执导由彭于晏、倪妮、欧豪联袂主演的古装爱情片《悟空传》，该片于2017年7月13日在中国大陆上映。

2019年9月21日，主演电影《古董局中局》。