2001年，因创作周杰伦首张专辑《JAY》中的歌曲《娘子》提名第12届金曲奖最佳作词人奖。

2003年，凭借创作的歌曲《东风破》获得第四届百事音乐风云榜年度港台及海外华人最佳作词。同年在第十二届金曲奖上，凭借为周杰伦创作的歌曲《威廉古堡》获得最佳作词人。同年为孙燕姿创作的歌曲《直来直往》获得第三届香港音乐风云榜港台年度最佳填词奖。

2004年，创作的歌曲《七里香》获得2004MusicRadioTOP排行榜年度最佳港台作词奖和第五届百事音乐风云榜最佳作词奖。同年歌曲《止战之殇》入围台湾第16届台湾金曲奖最佳作词人奖。

2005年，出版激励人心的励志小品文《演好你自己的偶像剧》。同年凭借歌曲《发如雪》提名台湾第17届金曲奖最佳作词人。

2007年，出版图书《关于方文山的素颜韵脚诗》，收入了方文山出道多年所创作的一百多首诗作。同年因创作歌曲《菊花台》入围第18届金曲奖最佳作词人，以及第26届香港电影金像奖最佳电影主题曲作词人。

2008年，凭借歌曲《青花瓷》获得第19届金曲奖最佳作词人，同年出版图书《青花瓷：隐藏在釉色里的文字秘密》，并参演舞台剧 《六义帮》。

2010年，出版《方道·文山流》，该书由近30篇文化观察类文章，个人生活方面的休闲式散文，以及23首中国风代表作曲谱构成 。参演范逸臣，立威廉主演的动作电影《混混天团》，同年与阿朵合作出演贺岁音乐剧《爷们儿》。

2011年，出版自传体励志随笔集《亲爱的，我们活在最好的年代》，同年出演电影《华裔》，随后参演郭康、赵春玉执导的情景剧《冲吧宅男》，11月20日担任2011中国风南昌演唱会的总导演及总策划。

2013年，发起西塘汉服文化周，同年12月13日方文山首次执导的电影《听见下雨的声音》上映。

2014年，执导《中国风演唱会》沧州站。

2019年9月16日晚11点，由周杰伦演唱，方文山担任词作者的单曲《说好不哭》发售。

2019年9月20日晚0点，由林俊杰演唱，方文山担任词作者的单曲《将故事写成我们》发售。